Что стоит за таким рассказом? Неоднократно высказывав шееся мнение, согласно которому поэт был тайным тондракитом, едва ли достаточно обоснованно. Источники дают не меньше, а, пожалуй, больше оснований считать виднейшего византийского богослова XIV века Григория Паламу тайным богомилом, однако ни один византинист этого делать не будет. Во-первых, приводимые традицией бранные слова, которые говорились обвинителями по адресу Нарекаци, предполагают подозрение не в тондракитстве, а в диофизитстве или, по крайней мере, в терпимости к диофизитам. Например, его бранили «ромеем и вероотступником», то есть единоверцем византийской церкви. Другое бранное слово, по-видимому, образовано от этнонима «тцат», то есть наименования армянских цыган, которые первоначально были единоверцами армян, а затем перешли в диофизитство. Автор жития подчеркивает примирительную позицию Григора в конфессиональной распре. «…Между епископами и вардапетами шла распря по различным вопросам в делах халкидонитов (то есть диофизитов). А блаженный Григор, верно поняв, что это есть бесполезная и пагубная церковная смута, в которой при разномыслии повреждалась здравость учения, увещевал всех быть кроткими душою и миролюбцами, пребывать в любви и единодушии»

И все же сведения о наветах против церковной репутации вардапета Григора очень важны. Во-первых, мы узнаем, что Нарекаци, будучи монахом и верующим членом церкви, не был Духовным конформистом. Вдохновлявший его (и по-видимому, его учителя Ананию) энтузиазм аскета, устремленный на возрождение христианского идеала, в реальной ситуации его времени противостоял инерции бездуховного обрядоверия и механического поклонения авторитету. Как говорит минейная заметка, «порядки святой церкви, искаженные и позабытые по причине ленивых и плотолюбивых пастырей духовных, он желал утвердить и восстановить»; немедленно после этого отмечается понятное недовольство «ленивых и плотолюбивых», едва не приведшее к расправе над поэтом.